La vallée de la rivière Boteti est l'une des zones fauniques les plus densément peuplées d'Afrique australe. Les zèbres et les gnous migrateurs utilisent la seule source d'eau disponible dans la vallée de la rivière Boteti pendant les mois d'hiver, s'accumulant par milliers dans la vallée. Pendant la saison de reproduction (novembre-mai), la migration effectue un voyage incessant à travers le désert vers les pâturages fertiles à l'est du parc national.

Le parc national de Makgadikgadi offre d'innombrables occasions d'observer et de photographier certaines des plus grandes concentrations d'animaux sauvages du Botswana.